12次列车故事发生在加拿大一个名叫柏林柏克的小镇，少女安妮（日高里菜 配音）出生在那里。在安妮出生后没多久，她的双亲就不幸过世了，孤苦无依的安妮被女佣乔安娜（田村圣子 配音）收养了。　　就这样，安妮来到了乔安娜的家中，在这里，安妮认识了住在这里的三个整日里调皮捣蛋的男孩赫列斯（小林由美子 配音）、爱德华（下釜千昌 配音）和哈里（川田妙子 配音）。乔安娜的经济也不富裕，所以安妮依然要面对捉襟见肘的生活。然而，安妮天性乐观开朗，对所有的事情都充满了好奇，这种积极的精神逐渐改变了乔安娜家中压抑的氛围，感染了生活在她周围的每一个人。