眼镜蛇的崛起特种部队2故事讲述在22世纪的人类世界，一只身份来历不明的火恐龙横空降落在洛小熠等六名斗龙战士的生活城市，相继吸引了阿迪和六大守护龙前来人类世界，为了追踪火恐龙真相，阿迪与斗龙战士被不明光圈吸到另一个空间—阿莱达星基地。斗龙战士在阿莱达得知火恐龙出现人类世界的原因，为了阻止这些给人类世界带来危险的恐龙，斗龙战士肩负起维护正义和平使命，决定找回龙印。斗龙战士带着阿莱达发明的战斗拍档—宝贝龙开启维护和平及找回龙印的旅程！